集体土地承包款归农民集体所有。具体分析如下：
根据《中华人民共和国民法典》及《中华人民共和国土地管理法》的相关规定，农村土地属于农民集体所有，农民通过承包合同取得土地的承包经营权。这意味着，农民在承包期内可以依法对土地进行使用、收益，但土地的所有权以及基于土地所有权产生的承包经营权收益（如承包款）均属于农民集体。
所有权归属：农民集体是集体土地的所有者，对土地享有根本性的决策权力。对于集体土地承包等重大事项，需依法定程序经本集体成员决定。
承包经营权：农民通过承包合同从农民集体那里取得土地的承包经营权，这并不意味着农民获得了土地的所有权，而只是获得了在承包期内对土地进行使用、收益的权利。
承包款归属：既然土地所有权属于农民集体，那么基于土地所有权产生的收益（包括承包款）也应当归农民集体所有。承包款通常用于农民集体的公共事务和公益事业，或者按照集体成员的决定进行分配。
综上所述，集体土地承包款归农民集体所有，这是由农村土地的集体所有制性质决定的。在实际操作中，承包款的收取和使用应当遵循相关法律法规和集体成员的决定，确保资金的合法、合规使用。