食品生产许可证不能代替营业执照。营业执照与食品生产许可证（或食品经营许可证，针对食品销售、餐饮服务等）是两个独立的法律证件，它们各自具有独特的法律地位和作用，对于企业的合法经营都至关重要。

首先，营业执照是由市场监督管理部门（原工商局）颁发的，是企业或个体工商户从事营利性经营活动的法定凭证。它确认了市场主体的合法经营资格，并详细列明了企业的基本信息，如名称、住所、经营范围、法定代表人等。没有营业执照，企业将无法合法经营，它是进入市场开展经营活动的先决条件。

而食品生产许可证（或食品经营许可证）则是由食品药品监督管理部门颁发的，专门针对从事食品生产（或销售、餐饮服务等）活动的市场主体。该证件证明经营者具备从事相关食品经营活动的条件和能力，符合食品安全相关要求。它是确保食品安全、保障消费者健康的重要措施。

两者在颁发部门、管理方式、办理范围与目的、法律性质与重要性等方面都存在明显的区别。营业执照是所有工商企业或个体经营者都需要办理的证件，而食品生产许可证（或食品经营许可证）的办理范围则相对特定，仅限于从事食品生产（或相关经营活动）的企业或个体经营者。

因此，对于食品生产企业来说，这两个证件都是不可或缺的。企业需要先办理营业执照，确定公司的合法地位和经营范围，然后再根据业务需求申请食品生产许可证（或食品经营许可证）。两者在申请材料和审核流程上也有所不同，需分别按照相关法律法规的规定进行办理。

综上所述，食品生产许可证不能代替营业执照，两者在企业的合法经营过程中都发挥着重要的作用。