辞退员工补偿标准中的工资，按照相关法律规定，应当是以应发工资来计算。以下是详细的解答：

一、应发工资与实发工资的区别

1. 应发工资：应发工资是劳动者在正常出勤情况下，按照劳动合同约定的工资标准计算得出的工资总额。它包括了基本工资、奖金、津贴、补贴等所有货币性收入，是劳动者在提供正常劳动后应得的全部报酬。

2. 实发工资：实发工资则是扣除了个人所得税、社保费、公积金等各项应扣款项后的实际到手金额。它是劳动者真正能够拿到手的工资数额。

二、为什么以应发工资为计算基数

1. 全面反映劳动报酬水平：以应发工资作为计算基数，能够更全面地反映劳动者的劳动报酬水平，确保劳动者在被辞退时获得合理补偿。

2. 体现公平原则：使用应发工资计算补偿金额，可以确保劳动者在劳动关系解除或终止时，其合法权益得到充分维护，避免因以实发工资计算而导致补偿金额不合理减少的情况发生。

3. 符合法律规定：根据相关法律规定，经济补偿的月工资按照劳动者应得工资计算，包括计时工资或者计件工资以及奖金、津贴和补贴等货币性收入。这明确了应发工资作为计算基数的合法性。

三、实际操作中的注意事项

1. 计算准确性：在计算辞退补偿时，应严格按照劳动合同约定的工资标准来计算应发工资，确保计算结果的准确性。

2. 协商与沟通：虽然法律规定了以应发工资为计算基数，但在实际操作中，用人单位与劳动者仍可以进行协商，根据具体情况来确定补偿金额。

3. 法律保障：如果用人单位拒不按照法律规定发放经济补偿，劳动者可以向劳动仲裁管理部门申请仲裁处理，以维护自己的合法权益。

综上所述，辞退员工补偿标准中的工资应当是以应发工资来计算。这样做不仅符合法律规定，而且能够更全面地反映劳动者的劳动报酬水平，确保劳动者在被辞退时获得合理补偿。