辞退员工的补偿标准是基于应发工资来计算的，而非实发工资。以下是对此问题的详细解答：
一、法律依据与计算基数
根据《中华人民共和国劳动合同法》第四十七条，经济补偿是按照劳动者在本单位工作的年限，以每满一年支付一个月工资的标准来向劳动者支付的。这里的“月工资”，明确指的是劳动者在劳动合同解除或者终止前十二个月的平均工资。进一步地，《中华人民共和国劳动合同法实施条例》第二十七条也明确规定，经济补偿的月工资应按照劳动者应得工资计算，这包括了计时工资、计件工资以及奖金、津贴和补贴等货币性收入。
二、应发工资与实发工资的区别
应发工资：这是用人单位依据国家有关规定或劳动合同的约定，以货币形式直接支付给劳动者的劳动报酬。它一般包括计时工资、计件工资、奖金、津贴和补贴、延长工作时间的工资报酬以及特殊情况下支付的工资等。应发工资是计算经济补偿的法定基数。
实发工资：这是劳动者实际到手的工资，也就是应发工资在扣除个人缴纳的社保、公积金、个人所得税等费用后的金额。实发工资并不用于计算经济补偿。
三、为何以应发工资为计算基数
体现劳动价值：应发工资更全面地反映了劳动者在正常工作时间内的劳动价值，它包括了基本工资、奖金、津贴等各项收入，因此更能体现劳动者的实际贡献。
保障劳动者权益：以应发工资为计算基数，能够确保劳动者在获得经济补偿时，其权益得到充分保障。如果以实发工资为计算基数，那么由于扣除了各项费用，劳动者的补偿金额将会减少，这显然是不公平的。
法律规定：如前所述，《中华人民共和国劳动合同法》及其实施条例都明确规定了经济补偿的月工资应按照劳动者应得工资计算，即应发工资。
四、特殊情况下的处理
如果劳动者在劳动合同解除或者终止前12个月的月平均工资低于当地最低工资标准，那么在计算经济补偿时，应当按照当地最低工资标准来计算。
如果劳动者工作不满12个月，则按照实际工作的月数来计算平均工资。
如果劳动者的月工资高于当地职工月平均工资的三倍，那么补偿标准将按照三倍数额封顶，且补偿年限最高不超过十二年。
如果用人单位违反法律规定解除劳动合同，那么需要按照上述标准的两倍来支付赔偿金。
综上所述，辞退员工的补偿标准是基于应发工资来计算的，这既体现了劳动者的劳动价值，也保障了劳动者的合法权益。