关于辞退补偿金的赔偿标准是按应发工资还是实发工资来计算的问题，这是一个涉及劳动者权益的重要法律问题。下面我将为您详细解答：
一、辞退补偿金的计算基础
根据《中华人民共和国劳动合同法》及相关法律法规的规定，辞退员工的经济补偿金计算通常是以应发工资为基数的。应发工资包含了劳动者的基本工资、奖金、津贴、补贴等所有税前收入，它更能全面、真实地反映劳动者的劳动价值和收入水平。
二、应发工资与实发工资的区别
应发工资：这是劳动者在正常工作期间应获得的全部工资收入，包括基本工资、奖金、津贴、补贴等，是计算经济补偿金的法定基数。
实发工资：这是劳动者在扣除社保、公积金个人部分及个人所得税等后实际到手的工资金额。实发工资并不作为计算经济补偿金的基数。
三、辞退补偿金的具体计算
经济补偿金的计算标准：通常按照劳动者在本单位工作的年限，每满一年支付一个月工资的标准向劳动者支付。六个月以上不满一年的，按一年计算；不满六个月的，支付半个月工资的经济补偿。
月工资的计算：这里的月工资是指劳动者在劳动合同解除或终止前十二个月的平均工资。如果劳动者工作不满十二个月，则按实际工作月数计算平均工资。
特殊情况：如果劳动者的月工资高于当地职工月平均工资三倍，那么经济补偿的标准将按照职工月平均工资三倍的数额来支付，且补偿年限最高不超过十二年。另外，如果用人单位违反法律规定解除劳动合同，需要按照上述标准的两倍支付赔偿金。
四、实际操作建议
明确约定：为了避免后续纠纷，建议用人单位和劳动者在劳动合同中明确约定经济补偿金的计算方式。
及时足额支付：用人单位在辞退员工时，应确保工资的及时、足额发放，并依法支付经济补偿金（如适用），以维护劳动者的合法权益。
维权途径：如果单位未按时足额支付经济补偿金，员工有权向劳动监察大队投诉维权。
五、案例说明
以一个具体案例来说明，假设员工小李的月应发工资为10000元，扣除社保、公积金个人部分及个人所得税后实发工资为8000元。如果公司违法辞退小李，需要支付经济赔偿金时，应以10000元作为计算基数，而不是8000元。
综上所述，辞退员工的经济补偿金计算是以应发工资为基数的，以确保劳动者的合法权益得到充分保障。希望这个解答能够帮助您更好地理解这个问题。