员工恶意申诉个税确实需要承担责任。以下是对此问题的详细分析：

1. 法律依据：

   • 根据相关税法规定，纳税人需如实申报个人所得，并缴纳相应的税款。恶意申诉个税，即故意提供虚假信息或隐瞒真实情况以逃避税收，属于违法行为。
   • 若员工恶意申诉个税被查实，税务机关将依法进行处理，可能包括追缴税款、加收滞纳金、处以罚款等行政处罚。

2. 具体责任：

   • 经济责任：员工需补缴少缴的税款，并可能面临滞纳金和罚款的处罚。这将直接增加员工的经济负担。
   • 法律责任：恶意申诉个税情节严重的，员工可能面临刑事处罚，如被追究逃税罪的刑事责任。
   • 信用影响：员工的恶意申诉行为将被记录在个人信用记录中，对其未来的信用评估、贷款申请等可能产生负面影响。

3. 建议与警示：

   • 员工应如实申报个税，遵守税收法律法规，避免不必要的法律风险和经济损失。
   • 如对个税申报有疑问或不确定如何申报，应及时咨询税务机关或专业律师，以确保申报的准确性和合法性。
   • 企业也应加强员工的税收知识培训，提高员工的税收法律意识，防范类似风险的发生。

综上所述，员工恶意申诉个税是需要承担相应责任的，包括经济责任、法律责任以及信用影响。因此，建议员工务必如实申报个税，遵守税收法律法规。如有任何疑问或需要帮助，请直接向我咨询。