关于毕业证提交给公司后公司是否会查的问题，这主要取决于公司的具体要求和流程。但首先，需要明确的是，根据人力资源社会保障部的回应，任何单位和个人都没有权利扣留他人证件原件。因此，如果公司要求你提交毕业证原件，你有权拒绝，并可以提出只提供复印件或影印件，并在合适位置注明具体用途。
那么，回到问题本身，公司是否会查你的毕业证呢？一般来说，有以下几种情况：
形式审查：有些公司可能只是对你的毕业证进行形式上的审查，确认你确实拥有该学历。这种情况下，他们可能不会深入查询毕业证的真伪，只是简单地看一下毕业证的外观和信息。
学信网查询：更多的公司可能会选择通过学信网来查询你的学历信息。学信网是教育部指定唯一查询高等学历的网站，公司可以通过你的毕业证编号或学信网账号来查询你的学历是否属实。这种方式相对更为准确和可靠。
第三方机构认证：在某些特定行业或岗位，公司可能会要求你提供由第三方机构出具的学历认证报告。这种认证报告通常会对你的毕业证进行更为详细的审查，并出具具有法律效力的认证结果。
无论公司采取哪种方式查询你的毕业证，你都应该确保自己的毕业证是真实有效的。如果公司发现你的毕业证存在虚假情况，可能会对你的入职或职业发展产生不良影响。
最后，需要提醒的是，保护好自己的个人证件是非常重要的。不要轻易将毕业证原件交给公司或其他机构保管，以免发生不必要的纠纷或损失。如果需要提供毕业证相关信息，建议只提供复印件或影印件，并在合适位置注明具体用途。