检察院免于刑事处罚未提起公诉通常不会留下案底，但具体是否留下案底还需根据不起诉的类型和案件的实际情况来确定。

1. 法定不起诉与案底：

   • 当存在情节显著轻微、危害不大不认为是犯罪；犯罪已过追诉时效期限；经特赦令免除刑罚；依照刑法告诉才处理的犯罪且没有告诉或撤回告诉；以及犯罪嫌疑人、被告人死亡等情形时，检察院会作出法定不起诉决定。
   • 在这种情况下，由于犯罪嫌疑人不被认为构成犯罪，因此不会留下案底。

2. 酌定不起诉与案底：

   • 酌定不起诉适用于犯罪情节轻微，依照刑法规定不需要判处刑罚或者可以免除刑罚的情况。
   • 虽然检察院决定不起诉，但犯罪嫌疑人的行为已经构成犯罪，只是基于从宽情节等因素考虑而不起诉。因此，酌定不起诉可能会留下案底记录。

3. 证据不足不起诉与案底：

   • 当检察院对于二次补充侦查的案件仍然认为证据不足，不符合起诉条件时，会作出证据不足不起诉的决定。
   • 如果后续没有新的证据表明犯罪嫌疑人有罪，那么犯罪嫌疑人不被认定构成犯罪，也就不会留下案底。但如果未来发现了新的证据，诉讼程序可能会被重新启动。

综上所述，检察院免于刑事处罚未提起公诉通常不会留下案底，但如果是酌定不起诉的情况，则可能会留下案底记录。如果您对此类问题存在疑问或担忧，可以直接向我咨询，我会根据您的具体情况提供更详细的解答和帮助。