结论：在公诉案件中，如果检察院决定不起诉，通常情况下是不会留下案底的。但需注意，特定情况下可能会存在其他非犯罪性质的记录，且若后续情况变化导致案件重新进入司法程序并被判有罪，则会留下犯罪记录。以下是对这一结论的详细分析：
一、案底的含义及影响
“案底”在法律上通常指的是一个人在司法机关的犯罪记录，这些记录可能对个人未来的生活、工作等产生负面影响。根据《关于建立犯罪人员犯罪记录制度的意见》，只有经人民法院依法判决有罪的人，才会有犯罪记录即案底。
二、检察院不起诉的情形及对案底的影响
法定不起诉：
- 根据《刑事诉讼法》第十六条，存在六种法定不起诉的情形，如情节显著轻微、危害不大不认为是犯罪的；犯罪已过追诉时效期限的；经特赦令免除刑罚的等。
- 在这些情形下，由于法律上不认为是犯罪或者不再追究刑事责任，因此不会留下案底。
酌定不起诉：
- 对于犯罪情节轻微，依照刑法规定不需要判处刑罚或者免除刑罚的，人民检察院可以作出不起诉决定。
- 由于犯罪嫌疑人虽然实施了一定的危害行为，但基于其犯罪情节轻微等因素，检察院决定不起诉，因此也不会产生案底。
证据不足不起诉：
- 对于二次补充侦查的案件，如果人民检察院仍然认为证据不足，不符合起诉条件，应当作出不起诉的决定。
- 这意味着现有证据无法证明犯罪嫌疑人构成犯罪，既然不能认定有罪，也就不会有案底。
三、其他可能的记录及影响
- 司法机关内部记录：虽然检察院不起诉不会留下犯罪记录案底，但在司法机关的办案过程中，可能会有相应的案件记录，主要用于内部的案件管理和统计。这些记录与通常意义上的犯罪案底有本质区别，一般不会对当事人的生活和工作产生像犯罪案底那样严重的负面影响。
- 行政违法记录：在某些特殊情况下，如果案件涉及行政违法或其他需要记录的情况，可能会在相关机关留下一定的记录，但这些记录并不等同于传统意义上的“案底”。例如，如果行为涉及交通违法，可能会留下交通违法记录，但这与犯罪记录是不同的。
- 后续情况变化：若后续出现新证据或情况发生变化，导致案件重新进入司法程序并被法院判决有罪，则将留下犯罪记录。
四、建议与注意事项
- 了解不起诉决定的具体类型：如果收到检察院的不起诉决定书，应仔细了解不起诉的具体类型（法定不起诉、酌定不起诉还是证据不足不起诉），以便更好地了解自己的法律状况。
- 咨询专业律师：虽然检察院不起诉通常不会留下案底，但具体情况还需根据案件的具体情况和法律规定来判断。如果你对此还有疑问或者需要更详细的法律帮助，可以直接向我咨询，我会根据你的具体情况提供专业的法律意见。
- 注意后续法律风险：即使检察院作出不起诉决定，也应保持警惕，注意避免再次涉及违法犯罪行为，以免给自己带来不必要的法律风险。
综上所述，检察院的不起诉决定通常意味着案件在刑事层面得到解决，且不会留下犯罪记录。然而，也需要注意可能存在的其他非犯罪性质的记录以及后续情况变化可能带来的法律风险。如果你有任何疑问或担忧，可以直接向我咨询，我会为你提供专业的法律帮助。