检察院免于起诉（即不起诉）是否会留案底，需分情况讨论：

1. 法定不起诉（绝对不起诉）
   若案件符合《刑事诉讼法》第16条规定的情形（如情节显著轻微、已过追诉时效、特赦令免除刑罚等），检察院作出法定不起诉决定。此类决定不会留下案底，因行为未被认定为犯罪。

2. 酌定不起诉（相对不起诉）
   若犯罪情节轻微，依照《刑法》规定不需要判处刑罚或免除刑罚，检察院可作出酌定不起诉决定。虽不追究刑事责任，但案件会留存于检察机关档案，可能被记录为“有违法犯罪记录”。不过，这种记录与“犯罪前科”不同，对日常生活影响较小，但在特定场景（如政审、特殊职业入职）可能需如实说明。

3. 证据不足不起诉（存疑不起诉）
   若证据不足，不符合起诉条件，检察院会作出存疑不起诉决定。此类案件可能因新证据出现而重新起诉，若最终判决有罪则留案底；若维持不起诉，则无犯罪记录，但案件材料仍会保存在司法机关档案中。

法律后果与建议：

• 案底定义：严格意义上的“案底”指犯罪记录（即被法院判处有罪的记录）。不起诉决定本身不构成犯罪记录，但可能留下司法处理痕迹。
  
• 影响范围：酌定不起诉和存疑不起诉的记录可能影响政审、部分职业资格审查，但一般不影响日常出行、贷款等民事活动。
  
• 应对建议：若需开具“无犯罪记录证明”，可向公安机关申请，通常不会显示不起诉记录；若涉及特殊审查，建议提前咨询相关部门或律师，准备说明材料。

总结：检察院免于起诉是否留案底，取决于不起诉类型。法定不起诉无案底；酌定不起诉和存疑不起诉可能留存司法档案，但不等同于犯罪记录。如有具体案件或进一步疑问，可直接向我咨询。