生育津贴结算时不会扣除年终奖。生育津贴和年终奖是两种不同性质的收入，它们之间通常没有直接的关联。下面我从几个方面来详细解释这个问题：

一、生育津贴的性质与发放

生育津贴是国家法律、法规规定对职业妇女因生育而离开工作岗位期间，给予的生活费用，是对承担生育风险的女职工提供的一项社会保障支持。其发放标准如下：

• 对已经参加生育保险的女职工，生育津贴按照用人单位上年度职工月平均工资的标准由生育保险基金支付。
• 对未参加生育保险的女职工，生育津贴则按照女职工产假前工资的标准由用人单位支付。

二、年终奖的性质与发放

年终奖是用人单位根据自身经营状况、员工个人表现以及公司奖励政策等多种因素综合考虑后，在年末给予员工的一种奖励性收入，属于用人单位的自主管理范畴，法律并没有强制规定用人单位必须发放年终奖。

三、两者关系及扣减问题

从性质和发放依据来看，生育津贴和年终奖并无直接关联。生育津贴是女职工因生育而获得的法定待遇，而年终奖则是基于员工一年来的工作表现和公司政策等因素发放的奖励。因此，用人单位不应该以发放生育津贴为由扣减女职工的年终奖。如果用人单位试图这样做，是不合法的，女职工有权要求用人单位说明扣减的依据和理由，并可以通过协商、投诉或劳动仲裁等方式维护自己的合法权益。

四、法律依据

根据《女职工劳动保护特别规定》第八条，女职工产假期间的生育津贴，对已经参加生育保险的，按照用人单位上年度职工月平均工资的标准由生育保险基金支付；对未参加生育保险的，按照女职工产假前工资的标准由用人单位支付。这一规定明确了生育津贴的发放标准和来源，与年终奖无直接关联。

综上所述，生育津贴结算时不会扣除年终奖，两者是性质不同的两项收入。如果女职工遇到用人单位以发放生育津贴为由扣减年终奖的情况，应积极维护自己的合法权益。