法院起诉款已结清时，通常会有以下证明：

1. 结案通知书：法院在案件结束后，会向原告和被告双方发送结案通知书，明确说明案件已结，款项已结清。这是最直接的法律证明文件。
2. 收据或转账记录：如果原告是通过银行转账等方式支付的起诉款，那么保留的转账记录也可以作为款项已结清的证明。转账记录应明确显示转账时间、金额以及收款方（即法院）的信息。
3. 法院出具的收据：在某些情况下，法院可能会直接向原告出具收据，证明已收到相应的起诉款。
4. 和解协议或判决书：如果案件是通过和解或判决结案的，和解协议或判决书中也会明确款项的支付情况，间接证明款项已结清。

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