申请生育津贴时，通常不会直接扣除住院报销的金额。下面我详细为你解释一下：

1. 生育津贴与住院报销的性质：生育津贴是国家或企业为女职工在生育期间提供的一种经济补偿，旨在保障女职工在生育期间的基本生活需求。而住院报销则是针对医疗费用的补偿，两者在性质和目的上有所不同。

2. 申请流程与规定：在申请生育津贴时，通常需要提供相关的生育证明、医疗费用单据等材料。但生育津贴的发放并不直接依赖于医疗费用的报销情况，而是依据相关的生育政策和规定。因此，住院报销的金额一般不会直接从生育津贴中扣除。

3. 特殊情况说明：当然，也存在一些特殊情况。比如，如果当地的生育政策或企业规定中有明确规定，生育津贴与医疗费用报销有某种关联或限制，那么可能会影响到生育津贴的具体发放金额。但这种情况并不普遍，具体还需参考当地的政策和企业规定。

综上所述，申请生育津贴时，通常不会扣除住院报销的金额。如果你在具体申请过程中遇到了问题或疑惑，可以随时向我咨询，我会根据你的实际情况提供更具体的帮助和建议。