如果工资未达到个人所得税的起征点（即每月5000元，或每年6万元），理论上是不需要缴纳个人所得税的。然而，如果发现工资未达到起征点却仍然被扣税，这可能是由多种原因导致的，包括计算错误、信息申报错误、系统故障、政策理解偏差，或是存在其他应税收入等。
在这种情况下，您可以采取以下步骤来处理：
与单位财务沟通：
- 首先，建议与单位的财务部门或人力资源部门进行沟通，了解扣税的具体原因。可能是财务人员在计算或录入数据时出现了错误，或者对个税政策存在误解。
- 提供工资条、考勤记录等相关证据，以便财务部门核实工资计算和扣税明细。
查询税务申报记录：
- 通过个人所得税APP或税务机关的官方网站，查询自己的收入纳税明细，核对申报信息与实际情况是否一致。
- 如果发现申报信息有误，可以向单位反映并要求更正申报。如果单位拒绝更正，可以向税务机关申诉。
向税务机关申诉：
- 如果与单位沟通无果，或者确认单位存在误扣税款的情况，可以向当地税务机关申诉。
- 拨打12366纳税服务热线，详细说明情况并提供相关证据。税务机关将调查核实，并要求单位更正、退还多扣税款。
申请退税：
- 在年度汇算清缴时，如果全年综合所得收入未达到起征点但平时预缴了个税，可以通过个人所得税APP办理年度汇算退税。
- 按系统提示填写信息并提交退税申请，税务机关审核通过后将退还多缴税款。
需要注意的是，除了个人所得税外，工资中还可能扣除社保费用、公积金等其他费用。这些费用通常会在发放工资前由单位代扣代缴，并不属于个人所得税的范畴。
总之，如果发现自己的工资在未达到个税起征点的情况下被扣税，应首先明确原因并采取相应措施解决问题。在整个过程中，保持与单位财务和税务机关的沟通是非常重要的，以确保自己的合法权益得到保障。