小规模纳税人开具专票时，1%和3%的税率主要存在以下区别：
一般规定下的税率差异：
- 小规模纳税人开具增值税专用发票（专票）的税率通常为3%，这是根据《中华人民共和国增值税暂行条例》第十二条的规定确定的，除非国务院另有规定。
税收优惠政策下的税率选择：
- 在特定时间段内，如2023年1月1日至2027年12月31日，国家为了支持小微企业的发展，出台了减税政策。对于小规模纳税人适用3%征收率的应税销售收入，可以选择减按1%征收率缴纳增值税。但这一政策主要适用于普通发票的开具，专票仍然按照3%的征收率来计算缴纳增值税。
- 小规模纳税人在实际业务中，可以根据自身需要和税收政策的规定，选择是否享受减税政策。如果选择享受，则主要适用于普通发票；如果选择不享受，可以开具3%税率的专用发票。
专票与普票的区别对税率的影响：
- 专票是增值税专用发票，用于购买方抵扣进项税额，因此其税率和开具要求相对更为严格。
- 普票是增值税普通发票，主要用于日常交易中的凭证作用，其税率和开具要求相对较为宽松，且在某些情况下可以享受税收优惠政策。
综上所述，小规模纳税人开具专票时，税率为3%；而在特定优惠政策期间，虽然可以选择享受减按1%征收的优惠，但这并不直接适用于专票的开具。因此，在实际操作中，小规模纳税人应根据自身情况和税收政策规定做出合理选择，并密切关注国家最新税收政策的变化，以确保按照正确的征收率开票纳税。如有任何疑问或需要进一步的法律咨询，请直接向我提问。