工程款超过三年，法院仍然会受理。但需要注意的是，工程款纠纷一般适用三年的普通诉讼时效。如果超过了三年，且不存在诉讼时效中断、中止等导致时效重新计算或延长的情形，对方若以诉讼时效已过进行抗辩，法院经审查属实，可能会驳回债权人的诉讼请求。
具体来说：
诉讼时效的规定：
- 根据《中华人民共和国民法典》第一百八十八条，向人民法院请求保护民事权利的诉讼时效期间为三年。
- 诉讼时效期间自权利人知道或者应当知道权利受到损害以及义务人之日起计算。
法院受理与实体审理：
- 即便超过三年，法院不会当然拒绝受理案件。债权人仍可向法院提起诉讼，法院受理后，会对案件进行实体审理。
- 在实体审理过程中，法院会判断是否存在诉讼时效中断、中止等事由，以及案件的事实和法律关系，依法作出裁判。
诉讼时效中断、中止的情形：
- 在诉讼时效期间内，若出现诉讼时效中断、中止等法定情形，诉讼时效会重新计算或者暂停计算。
- 这些情形包括但不限于：债权人向债务人提出履行请求、债务人同意履行债务、债权人提起诉讼或申请仲裁等。
因此，工程款超过三年，虽然可能面临诉讼时效的抗辩，但法院仍然会受理案件。债权人在提起诉讼前，应仔细审查是否存在诉讼时效中断、中止等事由，并准备充分的证据材料以支持自己的诉讼请求。如果有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。