关于公司非法储存柴油的处罚，这主要涉及到行政法规和刑事法规两个层面。以下是对此问题的详细解答：

一、行政法规层面的处罚

根据《中华人民共和国治安管理处罚法》第三十条的规定，违反国家规定，制造、买卖、储存、运输、邮寄、携带、使用、提供、处置爆炸性、毒害性、放射性、腐蚀性物质或者传染病病原体等危险物质的，将面临十日以上十五日以下拘留的处罚。如果情节较轻，则处五日以上十日以下拘留。柴油，特别是闭杯闪点≤60℃的柴油，自2023年1月1日起被调整为危险化学品，因此非法储存柴油将受到此法规的制裁。

此外，如具体案例中所示，某企业因非法储存柴油被应急管理局依据相关法律法规处以2.9万元的行政处罚。这表明，除了可能的拘留处罚外，非法储存柴油的企业还可能面临经济处罚。

二、刑事法规层面的处罚

如果非法储存柴油的行为构成犯罪，那么将依据《中华人民共和国刑法》进行处罚。根据该法第一百二十五条的规定，非法制造、买卖、运输、邮寄、储存枪支、弹药、爆炸物的，将面临三年以上十年以下有期徒刑的处罚。如果情节严重，将处十年以上有期徒刑、无期徒刑或者死刑。虽然此条款主要针对枪支、弹药、爆炸物，但根据该法条的相关规定，非法储存毒害性、放射性、传染病病原体等物质，危害公共安全的，也将依照前款的规定处罚。由于柴油被列为危险化学品，因此非法储存柴油且危害公共安全的行为，也可能受到此刑事法规的制裁。

三、总结与建议

综上所述，公司非法储存柴油将面临行政法规和刑事法规的双重制裁。为了避免不必要的法律风险和经济损失，建议公司严格遵守相关法律法规，确保柴油的储存、运输和使用符合国家标准和行业标准。如果公司确实需要使用柴油，应依法取得相关许可，并确保储存设施的安全和合规性。同时，公司也应加强对员工的安全培训和教育，提高员工的安全意识和操作技能。