若运输公司虽持有危化证但储存柴油的行为违反相关法规规定，将面临责令改正、罚款、没收违法所得、吊销许可证等行政处罚，情节严重构成犯罪的，还将被追究刑事责任。具体分析如下：

1. 行政处罚

   • 责令改正与罚款：根据《危险化学品安全管理条例》第八十条，若运输公司未将危险化学品（如柴油）储存在专用仓库内，或者储存方式、储存数量不符合国家标准或国家有关规定，将由安全生产监督管理部门责令改正，并处5万元以上10万元以下的罚款。若拒不改正，则责令停产停业整顿，直至由原发证机关吊销其相关许可证件，并由工商行政管理部门责令其办理经营范围变更登记或者吊销其营业执照。
   • 没收违法所得与罚款：若运输公司未经许可擅自从事危险化学品（如柴油）经营储存活动，根据《危险化学品安全管理条例》第七十七条，将由安全生产监督管理部门没收违法经营的危险化学品以及违法所得，并处10万元以上20万元以下的罚款；构成犯罪的，依法追究刑事责任。
   • 吊销许可证：对于持有危化证但严重违反储存规定的运输公司，相关部门有权吊销其危险化学品经营许可证，禁止其继续从事相关活动。

2. 刑事责任

   • 若运输公司的储存行为构成危险作业罪，即涉及安全生产的事项未经依法批准或者许可，擅自从事危险物品储存等高度危险的生产作业活动，具有发生重大伤亡事故或者其他严重后果的现实危险的，根据《中华人民共和国刑法》第一百三十四条之一，将处一年以下有期徒刑、拘役或者管制。
   • 若储存过程中发生重大事故，造成严重后果的，还可能构成危险物品肇事罪等其他罪名，将面临更严厉的刑事处罚。