两次违章扣12分不能分开来扣。下面我详细为你解释一下：

在交通管理工作中，对于机动车驾驶人的交通违法行为，公安机关交通管理部门会依据违法行为的性质和相关规定进行记分处理。根据《道路交通安全违法行为记分管理办法》的明确规定，对机动车驾驶人一次记分的分值分为12分、9分、6分、3分、1分五个等级。当驾驶人出现一次违法行为对应扣12分的情况时，如高速公路上倒车、逆行、穿越中央分隔带掉头等严重交通违法行为，这是按照单次违法行为的严重程度进行的整体记分判定。

具体来说，如果驾驶人因一次违法行为被扣12分，那么这12分必须一次性扣完，不能拆分成两次或多次来处理。每一次记分都是基于具体的违法行为而定的，不同的违法行为有其对应的记分标准，不能混淆或分散处理。

因此，如果你的驾驶证因两次不同的违章行为共被扣12分，那么你需要按照既定处罚规则一次性处理这12分，即参加道路交通安全法律、法规的学习并接受考试。考试合格的，记分才会予以清除并发还机动车驾驶证；若考试不合格，则需继续参加学习和考试，直到合格为止。

总的来说，两次违章扣12分不能分开来扣，必须一次性处理。这也提醒广大驾驶人严格遵守交通规则，确保行车安全，避免因为违规行为而被扣分。如果你还有其他交通法律方面的问题，可以直接向我咨询。