结论：在同一个交通事故中，若存在多个违法行为，且这些违法行为分别对应不同的扣分值（如一个9分，一个3分），这些扣分不能分开处理，而是应当合并计算，并依据合并后的扣分总数进行相应处罚。
法律依据与解释
根据《中华人民共和国道路交通安全法》及其相关实施条例，对于交通违法行为的处罚，特别是扣分制度，是针对每一次独立的违法行为进行的。然而，在同一个交通事故中，如果驾驶人存在多个违法行为，这些违法行为虽然各自独立，但在处理时会被视为同一事件的一部分，因此扣分也会合并计算。
具体来说，如果驾驶人在一次事故中同时违反了两种交通规则，一种违规行为扣9分，另一种扣3分，那么这两部分扣分不会分开处理。相反，它们会被合并计算，即总共扣12分。随后，根据合并后的扣分总数，交通管理部门会依据相关法律法规对驾驶人进行相应的处罚，如罚款、暂扣驾驶证、吊销驾驶证等。
实际操作与注意事项
合并处理原则：在处理交通事故中的多个违法行为时，交通管理部门会遵循合并处理的原则，将同一事件中的所有违法行为及其对应的扣分进行合并计算。
处罚的严重性：合并后的扣分总数可能达到或超过某些严重违法行为的扣分标准，从而导致更严厉的处罚。例如，如果合并后的扣分达到或超过12分，驾驶人可能面临暂扣或吊销驾驶证的处罚。
申诉与复核：如果驾驶人对交通管理部门的处罚决定有异议，可以在规定的时间内提出申诉或复核申请。在申诉或复核过程中，驾驶人需要提供充分的证据来支持自己的观点。
建议与提醒
遵守交通规则：为了避免交通事故和交通违法行为的产生，驾驶人应当严格遵守交通规则，确保行车安全。
及时处理违法行为：如果发生了交通违法行为，驾驶人应当及时接受处理，并按照规定缴纳罚款或接受其他处罚。拖延处理可能会导致更严重的后果。
了解法律后果：在驾驶过程中，驾驶人应当了解各种交通违法行为的法律后果，以便在发生违法行为时能够做出正确的应对。
如果您在交通事故处理或交通违法行为处罚方面有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。