一个违章扣12分不能分开扣。根据《道路交通安全违法行为记分管理办法》的相关规定，机动车驾驶人在一个记分周期内累积记分达到12分的，公安机关交通管理部门应当扣留其机动车驾驶证，并按照规定进行道路交通安全法律、法规和相关知识教育，经考试合格后，才能发还其机动车驾驶证。这里的“一个记分周期内累积记分达到12分”指的是总分达到12分，而不是单次违章的记分。

具体来说，如果驾驶人在一个记分周期内因多次违章被记分，这些记分是会累积计算的。一旦累积记分达到12分，就需要按照上述规定进行处理，不能通过分开扣分来规避法律责任。

因此，建议驾驶人在驾驶过程中严格遵守交通规则，避免违章行为，以确保自己的驾驶证不被扣留。如果有任何疑问或需要进一步了解相关规定，可以直接向我咨询。