注册公司时选择小规模纳税人还是一般纳税人，需要根据公司的具体情况和经营需求来决定。以下是对两者的详细比较和分析，以帮助您做出更明智的选择：

一、计税方法与税率

1. 一般纳税人：

   • 计税方法：原则上采用一般计税方法，但特定应税行为（如提供公共交通运输服务）可选择简易计税方法。
   • 税率：适用增值税税率，包括16%、10%、6%、0%等档次，具体税率根据公司销售商品或提供服务的不同而定。

2. 小规模纳税人：

   • 计税方法：采用简易计税方法。
   • 征收率：适用增值税征收率，目前为5%或3%（政策优惠时可能为1%），具体征收率根据政策调整而变化。

二、纳税申报期

• 一般纳税人：原则上以月为纳税期申报纳税。
• 小规模纳税人：原则上以季度为纳税期申报纳税，这有助于减轻公司的申报负担。

三、增值税发票使用

• 一般纳税人：可以开具和取得增值税专用发票，便于进行进项税额的抵扣。
• 小规模纳税人：大部分不能自开专用发票，如需开具可到税务机关申请代开，这在一定程度上限制了小规模纳税人在商业交易中的灵活性。

四、抵扣进项税额

• 一般纳税人：购进货物、劳务、服务、无形资产和不动产支付的增值税额可以作为当期进项税额进行抵扣，从而降低税负。
• 小规模纳税人：即使取得了增值税专用发票也不能抵扣进项税额，这可能导致其税负相对较高。

五、选择建议

1. 公司规模与预期销售额：

   • 如果公司投资规模大，年销售收入预计会很快超过500万元，建议直接认定为一般纳税人。
   • 如果公司规模较小，预计年销售额不会超过500万元，选择小规模纳税人可能更为合适。

2. 客户需求：

   • 如果公司的客户对发票税率有强制要求，必须是一般纳税人开具的发票，那么公司需要直接登记为一般纳税人。

3. 进项税额抵扣：

   • 如果公司预估有充足的进项税额可以抵扣，选择成为一般纳税人可能更为有利。然而，这种情况在实务中较为少见。

综上所述，注册公司时选择小规模纳税人还是一般纳税人需要综合考虑公司的规模、预期销售额、客户需求以及进项税额抵扣等因素。对于大多数初创公司而言，由于规模较小、销售额不高且进项税额有限，选择小规模纳税人可能更为合适。但随着公司的发展和业务的拓展，适时转变为一般纳税人也是必要的。