当村干部违反工作纪律时，应严格按照相关法律法规和规定进行处理，以确保公正、公平、公开。以下是对此问题的详细解答：
一、初步调查与核实
证据收集：
- 通过多种途径（如群众举报、上级检查、日常监督等）发现村干部可能存在违反工作纪律的行为后，应立即启动初步调查程序。
- 调查过程中，应全面、客观地收集相关证据，包括书面材料、证人证言、录音录像等，确保证据的真实性和有效性。
情况核实：
- 对收集到的证据进行仔细核实，确保事实准确无误，避免误判或错判。
- 在核实过程中，应严格保护举报人的隐私和权益，防止信息泄露导致举报人受到不必要的伤害。
二、依据规定处理
根据《中华人民共和国村民委员会组织法》及相关法律法规，以及各地的具体管理办法，对违反工作纪律的村干部可以采取以下措施：
批评教育：
- 对于情节较轻、影响较小的违纪行为，可以对村干部进行批评教育，要求其认识错误并改正。
- 批评教育可以采取口头或书面形式，并记录在案，作为后续管理的重要依据。
责令辞职：
- 村干部如果受到刑事处罚、被采取强制性教育措施等严重情况，应责令其提出辞职。
- 对于有严重违法违纪行为或连续两次民主评议不称职的村干部，也可以责令其辞职，以确保村干部队伍的纯洁性和战斗力。
依法罢免：
- 如果本村五分之一以上有选举权的村民或者三分之一以上的村民代表联名提出罢免要求，并说明罢免理由，应依法启动罢免程序。
- 被提出罢免的村干部有权进行申辩，罢免决议需经有选举权的村民过半数通过方为有效，确保罢免程序的合法性和民主性。
党纪处分：
- 如果村干部同时是中共党员，且其行为违反了党的纪律，应根据《中国共产党纪律处分条例》给予相应的党纪处分。
- 党纪处分包括警告、严重警告、撤销党内职务、留党察看或开除党籍等，具体处分应根据违纪行为的性质和情节而定。
移送司法机关：
- 对于涉嫌犯罪的村干部，应及时移送司法机关依法处理，确保法律的严肃性和权威性。
- 移送过程中，应确保相关证据的完整性和有效性，为司法机关的审理提供有力支持。
三、后续管理与监督
公开处理结果：
- 处理结果应在一定范围内公开，接受群众监督，增强处理的透明度和公信力。
- 公开方式可以通过村务公告、村民会议等形式进行，确保村民的知情权和监督权得到保障。
加强教育培训：
- 针对处理中发现的问题，应加强对村干部的教育培训，提高其法律意识和纪律观念。
- 教育培训内容可以包括法律法规、职业道德、廉政建设等方面，旨在提升村干部的综合素质和履职能力。
完善监督机制：
- 建立健全对村干部的监督机制，防止类似问题再次发生。
- 监督机制可以包括定期审计、民主评议、设立举报信箱等多种方式，形成全方位、多层次的监督网络。
综上所述，处理村干部违反工作纪律的问题需要严格遵循相关法律法规和规定，确保处理的公正性、合法性和有效性。同时，通过加强后续管理与监督，不断提升村干部的综合素质和履职能力，为乡村振兴和基层治理提供有力保障。