针对您提出的“纪委怎么处理村干部农村土地承包违规”的问题，我可以结合一些实际案例和纪委的一般处理流程来为您详细解答。
首先，当纪委接到关于村干部在农村土地承包过程中存在违规行为的举报或线索时，会立即启动调查程序。这通常包括收集相关证据、询问涉事人员、查阅相关文件和合同等，以全面了解事情的经过和真相。
以山东省莒县库山乡某村党支部书记孙某的案例为例，孙某私自承包村里土地，不公开招标，还不缴纳承包费。这一行为被廉情监督员发现并报告给了纪委。纪委在调查核实后，确认了孙某的违规行为，并依据党纪法规对其作出了党内警告处分，同时要求其补交承包费。
再来看西华县叶埠口乡葫芦湾村原党支部书记吕某某的案例，吕某某利用职务便利违规租用村集体资产且不缴纳租金。纪委在接到群众实名举报后，迅速行动，联合有关部门组成专项调查组展开全面调查。经调查确认吕某某的违规行为后，纪委依纪依规对其作出了留党察看一年的严厉处分，并责令其足额缴纳拖欠的款项。
从这些案例中，我们可以看出纪委处理村干部农村土地承包违规的一般流程：
接收举报或线索：纪委通过多种渠道接收关于村干部违规行为的举报或线索。
启动调查程序：纪委在接到举报或线索后，会立即启动调查程序，收集相关证据，询问涉事人员等。
核实违规行为：通过调查，纪委会核实村干部是否存在违规行为，以及违规行为的性质和程度。
依纪依规处理：根据调查结果，纪委会依纪依规对涉事村干部作出相应的处分决定，如警告、严重警告、撤销党内职务、留党察看或开除党籍等。
责令整改和赔偿：除了处分决定外，纪委还会责令涉事村干部整改违规行为，并赔偿因违规行为给村集体或村民造成的损失。
公开通报和警示教育：为了起到警示作用，纪委还会将处理结果公开通报，并开展警示教育，防止类似问题再次发生。
综上所述，纪委在处理村干部农村土地承包违规行为时，会遵循严格的调查和处理流程，确保公正、公平、公开地处理每一起案件。希望这个解答能够对您有所帮助。如果您还有其他问题或需要进一步的解释，请随时告诉我。