旅行社全额开票后，确实仍然可以选择差额征税。以下是对这一问题的详细解答：

一、差额征税的适用条件

根据《财政部 国家税务总局关于全面推开营业税改征增值税试点的通知》的相关规定，旅行社作为试点纳税人，在提供旅游服务时，可以选择以取得的全部价款和价外费用，扣除向旅游服务购买方收取并支付给其他单位或者个人的相关费用（如住宿费、餐饮费、交通费、签证费、门票费和支付给其他接团旅游企业的旅游费用）后的余额为销售额，来计算应缴纳的增值税。这就是差额征税的基本适用条件。

二、全额开票与差额征税的关系

1. 全额开票：

   • 旅行社在提供服务并收取款项时，需要向客户开具全额发票。
   • 全额开票是旅行社履行纳税义务的一部分，也是客户取得合法交易凭证的依据。

2. 差额征税：

   • 在计算应缴纳的增值税时，旅行社可以从全部价款和价外费用中扣除符合条件的支出项目。
   • 以扣除后的余额作为销售额来计算税额，这有助于减轻旅行社的税收负担，并避免重复征税。

三、操作注意事项

1. 准确核算可扣除项目：

   • 旅行社需要建立健全的财务管理制度，确保能够准确核算可以扣除的项目金额。
   • 相关费用必须有合法的凭证支持，以便在税务检查时能够提供充分的证据。

2. 合规开具发票：

   • 旅行社在开具发票时，仍需按照实际收取的款项全额开具。
   • 同时，对于可扣除的项目，旅行社应在内部账目中进行详细记录，以备税务部门核查。

3. 及时申报纳税：

   • 旅行社需要按照规定的期限向税务机关申报纳税。
   • 在申报时，应明确选择差额征税的方式，并如实填写相关表格和数据，确保信息的准确性和完整性。

综上所述，旅行社全额开票后仍然可以选择差额征税。但需要注意的是，在实际操作中应严格遵守相关税收法规和规定，确保核算的准确性和合规性，以避免潜在的税务风险。