发票冲红后，已缴纳的税款在一定条件下是可以退还或用于抵减后期应纳税额的。这主要取决于税种、税收法规以及税务部门的相关规定。以下是对这一问题的详细解答：
一、增值税
一般计税方法：
- 当企业因销售退回等情形需要开具红字发票时，如果对应的销项税额已经申报并缴纳，那么冲红将会减少当期的销项税额。
- 如果冲红后的当期销项税额小于进项税额，就会形成留抵税额。这部分留抵税额可以在未来的纳税期内继续抵扣。
- 在特定条件下（如连续六个月增量留抵税额均大于零，且第六个月不低于50万元），企业还可以申请增值税留抵退税。
简易计税方法：
- 对于采用简易计税的纳税人，如果开具红字发票冲减了销售额，并因此导致多缴了增值税，那么可以向主管税务机关申请退还多缴的税款。
二、企业所得税
- 如果企业因销售退回等原因需要开具红字发票，那么需要相应冲减当期的销售收入和销售成本，进而减少应纳税所得额。
- 如果冲减后的应纳税所得额导致当年度多缴了企业所得税，那么可以在年度汇算清缴时申请退税。
三、其他税种
- 对于如城市维护建设税、教育费附加等附加税费，它们是以实际缴纳的增值税、消费税为计税依据的。因此，当增值税、消费税因发票冲红而调整时，附加税费也需要相应调整。
- 如果因发票冲红导致多缴了附加税费，同样可以向税务机关申请退还。
四、退税流程与注意事项
退税流程：
- 具体的退税流程可能因地区、税种及税收政策的不同而有所差异。
- 一般来说，企业需要携带相关退税资料（如《退（抵）税申请表》、完税费（缴款）凭证等）前往主管税务机关进行申报。
- 税务机关会对退税资料进行审核，审核通过后按程序办理退税手续。
注意事项：
- 在操作前建议咨询当地税务部门或专业税务顾问，了解具体的退税政策和流程。
- 确保退税资料的真实性、完整性及符合退税规定，以避免申请被拒绝或延迟办理。
- 注意申请退税的时间限制，确保在规定时间内完成申请。
综上所述，发票冲红后的税款退还问题需要根据具体情况来判断，并遵循相关的税收法规和税务部门的规定进行操作。企业在进行相关操作时应确保合规性，并充分准备必要的申请材料。