如果重大疾病医疗期满仍不能上班，处理方式主要如下：

首先，用人单位应提前三十日以书面形式通知职工本人，或者额外支付职工一个月工资后，可以解除劳动合同。但在此之前，用人单位需确认职工确实无法从事原工作，也不能从事由用人单位另行安排的工作。

其次，用人单位在解除劳动合同时，应当按照职工的工作年限支付经济补偿。具体计算方式为：每满一年支付一个月工资的标准向职工支付，六个月以上不满一年的，按一年计算；不满六个月的，向职工支付半个月工资的经济补偿。这里的月工资是指劳动者在劳动合同解除或终止前十二个月的平均工资。

此外，若职工符合领取失业保险金的条件，可按规定申领失业保险金，以在失业期间获得一定的经济保障。

同时，用人单位在处理过程中需遵循法定程序，保障职工的知情权和申诉权等合法权益。若职工对用人单位的处理存在异议，双方可先通过协商解决；协商不成的，职工有权通过劳动仲裁或诉讼等法律途径来维护自身的合法权益。

总之，面对重大疾病医疗期满仍不能上班的情况，职工和用人单位都应了解并遵循相关的法律法规，确保处理过程的合法性和合理性。如有任何疑问或争议，建议及时咨询专业律师以获取准确的法律意见和帮助。