房产证不在手上卖房是否合法，需根据具体情况判断。以下是详细分析：
若房产证因遗失或合法原因在他人手中且无产权纠纷：
- 这种情况下，通常可以通过补办房产证或取得保管人同意后进行售卖。补办房产证需要向不动产登记机构提交身份证明、购房合同等原始资料。若在某些地区，即使房产证未补办完成，只要完成挂失并确认产权清晰无纠纷，也可能允许在办理交易手续的同时补办房产证，具体以当地规定为准。
- 如果房产证因合法原因（如委托办理事务）在他人手中，可与保管人协商取回房产证后进行售卖，或由保管人配合办理交易手续。
若房产证因抵押等权利负担而不在手中：
- 这种情况下，需要先还清贷款、解除抵押，取回房产证后再进行交易。如果买家愿意替卖家还清贷款以解除抵押，双方可以在合同中明确约定相关事宜。
若存在产权纠纷：
- 如果房产证不在手中是因涉及产权纠纷，如被他人非法侵占、存在多个争议方等，在纠纷解决前，房屋产权归属不明确，是无法进行售卖的。不动产登记机构在办理过户时会审查产权状况，有纠纷的房屋无法通过审查。
在决定卖房前，请务必确认房产证的状态及是否存在产权纠纷。同时，在卖房过程中应严格遵守法律法规，确保交易的合法性和有效性。如果有任何疑问或需要进一步的法律建议，可以直接向我咨询。