中国残疾人联合会由民政部代管。具体分析如下：

根据国务院办公厅转发的民政部《关于组建中国残疾人联合会的报告》的通知（国办发〔1987〕75号），中国残疾人联合会享受总局级待遇，由民政部代管，在国家计划中单列户头，与国务院各部门和各省、自治区、直辖市建立业务关系。这一安排旨在进一步做好社会保障工作，推进我国残疾人事业的开展。

因此，从组织管理和行政归属的角度来看，中国残疾人联合会归民政部代管，是其直接的上级管理部门。同时，中国残疾人联合会也与国务院各部门和各地人民政府建立业务关系，共同推进残疾人事业的发展。