农村自建房是否可以公证，这个问题其实涉及到多个方面，包括房屋的性质、权属情况，以及公证的具体目的和法律规定。

首先，从一般原则上来说，农村自建房是可以进行公证的。公证主要是为了确认房屋权属和交易的合法性，为房屋所有人提供法律上的保障。然而，需要注意的是，尽管公证具有法律效力，但公证后的自建房在流转上仍然受到一定的限制。具体来说，自建房只能在本集体经济组织成员之间进行流转，不能流转到非本集体经济组织成员手中。这一规定主要是为了保护农村集体土地资源的合理利用，防止外来资本对农村房地产市场的过度干预。

另一方面，也需要注意到，并非所有农村自建房都可以进行公证。我国实行不动产统一登记制度，房屋的所有权以办理权属登记为准。如果农村自建房没有房产证，即存在没有产权证明的障碍，那么在提交公证申请时，公证处可能会不予受理。此外，如果房屋存在权属争议、当事人提供虚假材料、申请公证的事项不真实或不合法等情况，公证机构也会拒绝办理公证。

因此，在进行农村自建房公证前，自建房的所有人应明确了解相关法律法规和公证机构的具体要求。需要确保房屋是合法的、产权明确的，并且没有被有关机构采取查封等财产保护措施。同时，买卖双方都需要满足一户一宅的原则，即买方不存在已有农村住宅或是有宅基地但未建房的情况（除非宅基地总面积未超过当地政策要求）。在进行公证时，双方应提供完整的房屋权属证书和其他相关证明材料，以确保交易的合法性和有效性。

综上所述，农村自建房是否可以公证需要具体情况具体分析。在符合相关法律法规和公证机构要求的前提下，自建房是可以进行公证的。但公证后的房屋流转仍然受到一定限制，且并非所有自建房都具备公证的条件。因此，在进行公证前，建议自建房所有人咨询专业律师或公证机构以获取更详细和准确的指导。