核心结论：农村自建房协议抵押给个人，公证并非强制要求，但若选择公证，需前往当地公证处办理；同时，抵押行为还需符合农村宅基地使用权流转的相关规定。
具体分析：
公证机构的选择：
- 若您决定对农村自建房的抵押协议进行公证，应前往房屋所在地的公证处办理。公证处是依法设立，不以营利为目的，依法独立行使公证职能、承担民事责任的证明机构。
- 在办理公证时，您需要准备相关材料，如身份证、房产证（或宅基地使用证）、抵押协议等，并按照公证处的要求填写申请表、缴纳公证费。
农村自建房抵押的特殊性：
- 农村自建房通常建立在宅基地上，而宅基地的使用权具有一定的身份属性，即一般仅限于本村集体经济组织成员使用。
- 因此，在将农村自建房抵押给个人时，除了考虑公证问题外，还需确保抵押行为符合《土地管理法》、《民法典》等相关法律法规中关于宅基地使用权流转的规定。
- 特别是要注意，非本村集体经济组织成员一般不得受让宅基地使用权，这可能会影响抵押权的实现。
建议与注意事项：
- 在进行农村自建房抵押前，建议您先咨询当地国土资源部门或农业部门，了解宅基地使用权流转的具体政策和限制。
- 同时，考虑聘请专业律师对抵押协议进行审查，确保协议内容合法、有效，并充分保障您的权益。
- 如果选择公证，公证处会对抵押协议的真实性、合法性进行审查，并出具公证书，这有助于增强协议的法律效力。
总结：农村自建房协议抵押给个人时，公证并非必须，但如需公证应前往当地公证处办理。同时，务必注意抵押行为需符合农村宅基地使用权流转的相关规定，以确保抵押的合法性和有效性。如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请随时向我咨询。