在《民法典》及《中华人民共和国公证法》的明确规定下，农村民房合作协议书（这里主要讨论的是涉及房屋买卖或类似权益转让的合作协议）在满足特定条件时，是可以进行公证的。不过，我们首先要明确的是，农村房屋的交易和合作受到较为严格的法律法规及政策限制，因此，在考虑公证之前，必须确保合作行为本身是合法合规的。
可以公证的情形与条件
同一集体经济组织成员间的合作：
- 如果合作协议涉及的是同一集体经济组织成员之间的房屋买卖、租赁或合作开发等，且协议内容不违反法律法规的强制性规定，同时是双方真实意思的表示，那么这样的合作协议通常是可以申请公证的。
- 公证机构在受理申请后，会对协议的真实性、合法性以及双方当事人的身份、资格进行严格审查，确认无误后才会出具公证书。
协议内容完备且合法：
- 除了合作主体适格外，合作协议还需满足房屋产权清晰、不存在权属争议等条件。
- 协议内容应明确房屋的基本情况（如位置、面积、结构等）、合作方式、权益分配、违约责任等主要条款，确保协议的完备性和合法性。
无法公证或可能导致公证无效的情形
向非集体经济组织成员转让权益：
- 如果合作协议涉及将农村房屋的权益转让给本集体经济组织以外的人，如城市居民或其他集体经济组织的成员，这类协议可能因违反法律法规的强制性规定而不被公证。
- 这是因为农村宅基地属于集体所有，其使用权与特定的身份关系相联系，非集体经济组织成员通常无法获得宅基地的使用权。
房屋存在权利瑕疵：
- 如果农村房屋存在抵押、查封等权利受限的情况，或者房屋的建设未取得合法的审批手续，属于违章建筑，那么涉及该房屋的合作协议一般无法获得公证。
- 公证机构在审查过程中，如果发现房屋存在权利瑕疵或违法建设情况，通常会拒绝受理公证申请，以保护当事人权益和维护法律秩序。
总结与建议
对于农村民房合作协议书的公证问题，我建议您在签订协议前务必咨询专业律师或当地公证机构，对协议内容进行全面审查，确保协议的合法性和有效性。同时，您还需要了解并遵守相关法律法规及政策限制，避免因为不了解规定而引发不必要的法律纠纷。如果合作协议满足公证条件，那么通过公证可以增强协议的法律效力和执行力，为您的权益提供更好的保障。