在股权转让过程中，对于已经实缴部分的处理是一个核心问题，它涉及到转让方、受让方以及公司的权益。以下是对这一问题的详细解答：

一、明确股权转让协议的约定

首先，股权转让双方应明确股权转让协议中关于实缴部分的约定。这包括实缴部分的转让价格、转让方式等关键条款。如果协议中已有明确规定，双方应按照协议执行，以确保交易的合法性和合规性。

二、实缴资本的转让与登记

根据公司法等相关法律规定，实缴资本是公司注册资本的实际缴纳部分。在股权转让时，实缴部分应依法进行转让登记等手续。这意味着，转让方需要将其持有的实缴资本份额转让给受让方，并在公司登记机关办理相应的变更登记。

三、考虑税务问题

股权转让涉及税务问题，特别是印花税等税种的缴纳。对于已经实缴部分的转让，双方应根据税法规定，计算并缴纳相应的税费。这有助于避免税务风险，确保交易的合法性。

四、处理未实缴部分

如果转让方未足额实缴注册资本，那么在股权转让时，受让方应特别注意未实缴部分的处理。通常情况下，受让方在支付股权转让款时，会扣除未实缴部分的金额。同时，未实缴部分的相关责任依然由转让方承担，公司以及其他股东都有权要求转让方履行实缴义务。

五、确保合法合规性

在整个股权转让过程中，双方应确保交易的合法合规性。这包括遵守公司法、税法等相关法律法规，以及遵循公司章程、股东会决议等内部规定。通过合法合规的交易流程，可以保障双方的权益，避免潜在的法律风险。

六、综合考虑多方面因素

最后，对于股权转让中已实缴部分的处理，双方应综合考虑多方面因素。这包括公司的经营状况、市场前景、股东结构等。通过全面评估这些因素，双方可以更准确地确定实缴部分的转让价格和转让方式，从而达成更公平、更合理的交易。

综上所述，股权转让中已实缴部分的处理需要遵循相关法律法规，明确协议约定，考虑税务问题，处理未实缴部分，并确保交易的合法合规性。通过综合考虑多方面因素，双方可以达成更公平、更合理的交易，实现共赢。