当原股东已经完成实缴，而公司需要进行股东变更时，这确实是一个涉及多个法律环节和程序的过程。为了确保变更的合法性和有效性，同时保护新股东的权益，以下是一个详细且有条理的处理流程：

一、召开股东会并形成决议

首先，公司需要召开股东会，就股东变更事宜进行讨论并形成正式决议。这个决议应该明确变更的股东身份、股权比例以及转让价格等核心事项。决议必须由全体股东签字盖章，以确保决策过程的合法性和合规性。这份决议将是后续所有变更手续的基础文件。

二、签订股权转让协议

接下来，转让方（原股东）和受让方（新股东）需要签订一份详细的股权转让协议。这份协议应该包括股权份额、转让价格、付款方式、交接时间等关键条款。协议必须真实、准确，并符合相关法律法规，以避免未来可能出现的纠纷。双方应妥善保管这份协议，并在必要时作为法律依据。

三、修改公司章程并备案

根据股东会决议和股权转让协议的内容，公司需要对公司章程进行相应修改。这包括修改关于股东姓名（名称）、股权结构、出资情况等条款。修改后的公司章程需要经全体股东签字或盖章确认，并提交至工商行政管理部门备案。这一步是确保公司章程与实际情况一致的重要环节。

四、办理工商变更登记

在准备好所有必要的材料后，公司需要前往当地工商行政管理部门提交变更登记申请。这些材料包括股东会决议、股权转让协议、修改后的公司章程等。经审核通过后，工商行政管理部门将完成股东变更登记，并换发新的营业执照。这是股东变更的法定程序，必须严格遵守。

五、税务及其他相关手续变更

股东变更后，公司还需要及时到税务部门办理税务登记信息的变更，以确保税务申报的准确性。此外，根据需要，公司可能还需要办理组织机构代码证、银行账户信息等相关手续的变更。这些步骤都是确保公司正常运营和合规性的重要环节。

六、资产与债务处理

在股东变更过程中，公司需要确保资产的完整交接，并明确双方的责任和权益。同时，原股东对其作为股东期间的公司债务仍应承担相应责任，而新股东则在其认缴出资范围内对公司债务负责。因此，在相关文件中必须清晰反映债务情况，以避免未来可能出现的纠纷。

七、保障新股东权益

最后，公司应主动向新股东披露公司的经营状况、财务状况等重要信息，确保其能够充分了解公司现状。同时，公司应确保新股东根据公司章程享有与其持股比例相应的决策权、利润分配权等权益。这是维护公司稳定和持续发展的重要保障。

综上所述，原股东已完成实缴后的股东变更是一个复杂而严谨的过程。公司必须严格按照法律规定和程序进行操作，以确保变更的合法性和有效性。同时，公司也应注重保护新股东的合法权益，促进公司的稳定和持续发展。