当交通事故中对方被判定负主要责任时，修车费用的赔偿流程通常遵循以下步骤：
一、赔偿原则与顺序
交强险先行赔付：
- 根据《中华人民共和国民法典》及相关法律法规，机动车发生交通事故造成损害，首先由承保机动车强制保险的保险人在强制保险责任限额范围内进行赔偿。对于修车费用，交强险通常会设定一个赔偿限额（如2000元），在此限额内的费用由交强险承担。
商业保险补充赔偿：
- 若交强险赔偿后仍有不足部分，且责任方车辆投保了商业保险（如车损险、第三者责任险等），则按照保险合同的约定，由商业保险保险人进行补充赔偿。
侵权人个人赔偿：
- 若交强险和商业保险赔偿后仍有不足，或责任方车辆未投保商业保险，则剩余部分需由侵权人（即责任方驾驶员或车主）个人承担。
二、赔偿流程
报案与定损：
- 发生事故后，及时向交警部门报案，并通知保险公司。保险公司会派遣定损员对受损车辆进行勘查和定损，确定修车费用。
协商与调解：
- 在交警部门的主持下，双方当事人可以就修车费用进行协商。若协商不成，可向所在地交通管理局提出申诉，由交通局介入调解或仲裁。
法律途径：
- 若调解或仲裁无果，或对方拒绝承担修车费用，受害者可以通过诉讼等法律途径维护自身权益。法院会根据事故勘察结果、当事人陈述、证人证词及车辆损毁情况等因素，确定各方责任并判决具体赔偿金额。
三、注意事项
保留证据：
- 在整个赔偿过程中，务必保留好所有相关证据，如事故认定书、修车发票、保险单等，以便在协商或诉讼时使用。
及时报案：
- 发生事故后应尽快向交警和保险公司报案，以免错过报案时效而影响赔偿。
了解法律法规：
- 在处理赔偿事宜前，建议了解相关法律法规和赔偿标准，以便更好地维护自身权益。
综上所述，当交通事故中对方负主要责任时，修车费用的赔偿应遵循交强险先行赔付、商业保险补充赔偿、侵权人个人赔偿的顺序进行。若协商无果，可通过法律途径解决争议。