在认定文物保护单位后，对原有违章的执法主体通常是文物行政管理部门联合其他相关部门。具体分析如下：

1. 文物保护单位的特殊性：

   • 文物保护单位一旦被认定，就意味着其具有特殊的历史、科学、艺术价值，需要得到特别的保护。
   • 因此，对于文物保护单位内的任何违章行为，其处理都不同于一般的违章行为。

2. 执法主体的确定：

   • 根据相关法律法规，文物行政管理部门是负责文物保护的主要部门。
   • 对于文物保护单位内的违章行为，文物行政管理部门有权进行查处，并采取相应的保护措施。
   • 在某些情况下，文物行政管理部门可能会联合其他相关部门（如城管、规划等）进行联合执法，以确保文物保护工作的顺利进行。

3. 执法程序与措施：

   • 文物行政管理部门在发现违章行为后，会进行调查取证，并根据违章行为的性质和情节采取相应的处理措施。
   • 处理措施可能包括责令改正、罚款、没收违法所得等，甚至可能涉及刑事责任。
   • 在执法过程中，文物行政管理部门会严格遵守相关法律法规，确保执法的合法性和公正性。

综上所述，认定文物保护单位后对原有违章的执法主体主要是文物行政管理部门，他们有权也有责任对文物保护单位内的违章行为进行查处和保护。如果你在这方面有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。