违建认定后，强制执行通常由县级以上地方人民政府城乡规划主管部门、乡镇人民政府（街道办事处）以及其他相关部门负责，具体取决于违建的性质和地区规定。以下是对此问题的详细解答：

一、主要执行部门

1. 县级以上地方人民政府城乡规划主管部门

   • 根据《中华人民共和国城乡规划法》第六十八条，对于违反城乡规划的建筑物、构筑物等，若无法采取改正措施消除影响且不能拆除的，由县级以上地方人民政府城乡规划主管部门责令限期拆除。若当事人逾期不拆除，建设工程所在地县级以上地方人民政府可以责成有关部门采取查封施工现场、强制拆除等措施。

2. 乡镇人民政府（街道办事处）

   • 在某些地区，如浙江省和北京市等地，根据地方性法规或政府规章，乡镇人民政府（街道办事处）被赋予了直接查处违法建设的职权，并有权依法作出拆除决定和组织实施强制拆除。例如，《浙江省违法建筑处置规定》第六条明确规定了乡镇人民政府对城镇违法建筑的查处职责；《北京市禁止违法建设若干规定》第五条则明确了街道办事处和乡镇人民政府在各自辖区范围内负责查处违法建设工作。

3. 其他相关部门

   • 自然资源部门：负责查处非法占用土地进行建设的行为。
   • 农业农村部门：负责查处农村村民未经批准或者采取欺骗手段骗取批准，非法占用土地建住宅的行为。
   • 城市管理部门：在某些情况下，也可能参与违建建筑的查处和强拆工作。

二、执行流程与协作机制

1. 立案调查：相关部门发现违建后，会进行立案调查，收集证据，确定违建事实。
2. 作出处罚决定：根据调查结果，相关部门会依法作出处罚决定，包括责令限期拆除等。
3. 催告履行：若当事人未在规定期限内自行拆除违建，相关部门会发出催告书，要求其在一定期限内履行拆除义务。
4. 强制执行：若当事人仍不履行拆除义务，相关部门将依法组织强制拆除。在此过程中，可能会涉及多个部门的协同合作，如公安部门维护现场秩序，卫生健康部门提供医疗保障等。

三、特殊情况下的处理

• 历史遗留问题：对于因历史原因形成的违建，处理方式可能更为复杂，需要综合考虑多种因素，如城市规划调整、社会稳定等。
• 法律程序保障：在强拆过程中，必须严格遵守法定程序，保障当事人的合法权益。例如，在作出强制拆除决定前，应当告知当事人有陈述、申辩的权利；在实施强制拆除时，应当确保现场安全，避免对周边环境和人员造成损害。

建议：如果您面临违建认定及强制执行的问题，建议首先了解当地的具体规定和程序，确保自己的权益得到保障。同时，积极与相关部门沟通，配合调查和处理工作，以减少不必要的法律纠纷。如果您在处理过程中遇到任何法律问题，可以直接向我咨询，我会根据您的具体情况提供专业的法律建议。