关于小区违建的认定部门，主要依据违建所在的具体区域和性质来确定，以下是详细分析：
城市规划区内：
- 城市管理综合行政执法部门（城管执法局）：这是最常见的违建认定部门。依据《中华人民共和国城乡规划法》等相关法律法规，城管执法部门有权对城市规划区内未取得建设工程规划许可证或未按其规定进行建设的行为进行调查、认定和处置。例如，市区内私自搭建的阳光房、违规加建的楼层等，通常由城管执法部门负责认定。
- 城乡规划主管部门：这些部门（如城乡规划局或委）也负责从规划管理的角度审查建设项目是否符合城市规划要求。对于违法建设，它们同样有权作出认定，并依法进行处罚。城乡规划主管部门在违建判定中扮演着重要角色，确保城市建设符合整体规划。
乡、村庄规划区内：
- 乡、镇人民政府：根据《中华人民共和国城乡规划法》，在乡、村庄规划区内未依法取得乡村建设规划许可证或未按其规定进行建设的，由乡、镇人民政府负责认定和处理。这包括在农村集体土地上未经批准私自建设的住宅、养殖场等。
涉及特殊情况的违建：
- 国土资源部门：如果违建涉及未经批准非法占用土地进行建设，那么国土资源部门将负责认定和查处。例如，在农用地上违规建设工业厂房，就属于国土资源部门的管辖范围。
- 水利部门：对于在河道管理范围内违法建设建筑物、构筑物等影响行洪安全的行为，水利部门将依据相关法律法规进行认定和处理。河道内私自搭建房屋、围垦河道等行为，均属于水利部门的管辖范畴。
法律建议：
- 如果您发现小区内存在违建，首先应明确违建的具体地点和性质，以确定负责认定的主管部门。
- 在向相关部门反映违建情况时，建议提供详细的违建位置、照片等证据，以便相关部门能够迅速、准确地进行认定和处理。
- 同时，也提醒广大市民，在未经相关行政单位认定的情况下，不得擅自拆除疑似违章建筑，以免触犯法律。
可能后果：
- 如果违建被相关部门认定，违建者可能面临罚款、限期拆除等处罚。
- 在极端情况下，如果违建严重影响了城市规划或公共安全，相关部门甚至有权采取强制拆除等措施。
如果您对小区违建的认定或处理存在疑问，或者需要进一步的法律帮助，请随时向我咨询。我会根据您的具体情况，提供专业的法律意见和帮助。