当房屋只有划拨土地使用证而过户时，确实存在一些特殊性和需要遵循的法定程序。以下是对此问题的详细解答：
一、明确法律基础与前提条件
产权完整性要求：
- 根据《城市房地产管理法》，房地产转让通常需要同时拥有土地使用权证书和房屋所有权证书（即“两证齐全”）。
- 仅持有土地使用证的房屋，因缺乏完整的权属证明，无法直接办理过户登记。
划拨土地的特殊性质：
- 划拨土地是政府无偿提供给使用者的，因此在过户时可能需要补缴土地出让金，以转变土地性质为出让性质。
二、具体解决方案及流程
补办房屋所有权证（如可能）：
- 提交确权申请，包括建设用地审批文件、规划验收合格证明、工程竣工验收备案表、权属来源证明材料等。
- 进行权籍调查与公示，确保房屋现状与审批文件一致性。
- 公示无异议后，缴纳相关税费，领取不动产权证书。
划拨土地过户流程：
- 买卖双方签订房屋买卖合同，明确双方权利义务。
- 持合同、身份证明、房产证（如有）、原划拨土地证等材料，前往当地房地产交易管理部门和土地管理部门申请办理过户手续。
- 经审核，如材料齐全、符合规定，补缴土地出让金后，可完成房产证和土地证的过户变更登记。
三、特殊类型房产处理方案
- 农村宅基地房屋：需本集体经济组织成员资格受让，依据《土地管理法》第62条。
- 经济适用房：满5年补缴土地出让金后可上市交易，依据《经济适用住房管理办法》。
- 小产权房：目前暂不支持过户，需等待政策调整。
四、风险防控要点
合同效力认定：
- 未取得完整权属证书的房屋买卖合同可能被认定为效力待定，建议约定分阶段付款并设置履约保证金。
资金监管措施：
- 通过银行共管账户或第三方托管平台支付购房款，待完成过户登记后再解除监管。
违约责任条款：
- 明确约定卖方协助办证的义务及逾期履行的违约金标准。
五、实操建议
- 优先选择已确权房产：购买前核实不动产单元号，通过官方渠道查询抵押查封信息。
- 咨询专业律师：重点审查土地性质（出让/划拨）、规划用途（住宅/商业）等关键要素。
- 关注政策动态：部分地区试点“房地分离”处置机制，可关注当地政府出台的过渡性规定。
综上所述，房屋只有划拨土地使用证时过户确实存在特殊性，需要遵循一系列法定程序和要求。建议在实际操作中咨询专业律师或相关机构以获取更具体的指导和帮助。