当车辆入全保后，如果车主在事故中承担次要责任，保险公司的理赔流程通常遵循以下原则进行：

一、交强险赔偿

首先，不论事故责任大小，交强险会在其责任限额内进行赔偿。具体限额如下：

• 医疗费用赔偿限额：18000元
• 死亡伤残赔偿限额：180000元
• 财产损失赔偿限额：2000元

这意味着，如果事故造成的损失在交强险的赔偿限额内，保险公司会按照上述限额进行赔付，无需考虑车主的责任比例。

二、商业险赔偿

对于超出交强险赔偿限额的部分，保险公司会根据事故责任比例，由商业三者险（如果车主购买了此险种）进行赔偿。在车主承担次要责任的情况下，通常的赔偿比例为30%左右（具体比例可能因保险合同约定而有所不同）。

举例说明

假设事故造成的总损失为10万元，其中交强险已经赔偿了2000元（假设为财产损失），那么剩余的部分为98000元。根据商业险的赔偿比例，保险公司会按照30%的责任比例进行赔付，即约29400元。车主自身则需要承担剩余的约68600元（如果车主没有购买其他相关保险来覆盖这部分损失）。

注意事项

• 保险合同条款：具体的赔偿比例和限额可能会因保险合同的约定而有所不同。因此，在理赔前，建议车主仔细阅读保险合同条款，了解具体的赔偿规定。
• 及时报案：发生事故后，车主应及时向保险公司报案，并提供相关的事故证明和损失证据，以便保险公司能够及时进行理赔处理。
• 配合调查：在理赔过程中，保险公司可能会要求车主提供进一步的信息或配合调查。车主应积极配合，以便保险公司能够准确评估损失并确定赔偿金额。

综上所述，当车主在事故中承担次要责任时，保险公司的理赔流程会先通过交强险进行赔偿，超出部分再由商业险按照责任比例进行赔付。车主在理赔过程中应仔细了解保险合同条款，及时报案并配合保险公司的调查工作。