在涉及主次责任的交通事故中，保险公司的理赔流程通常遵循以下步骤，确保双方权益得到合理保障：

一、理赔基本流程

1. 交强险先行赔付：

   • 不论主次责任，交强险首先会在其责任限额内进行赔偿。这包括财产损失限额2000元、医疗费用限额18000元、以及死亡伤残限额180000元。
   • 交强险是强制保险，不划分责任比例，旨在为受害人提供基本保障。

2. 商业险按责任比例赔付：

   • 超出交强险赔偿限额的部分，将根据事故责任比例由商业险进行赔付。
   • 通常，主要责任方承担70%的赔偿责任，次要责任方承担30%。但具体比例可能因地区规定或保险合同约定而有所不同。

3. 不计免赔险的影响：

   • 如果双方均购买了不计免赔险，那么在各自责任范围内按比例承担赔偿，无需考虑免赔率。
   • 若未购买不计免赔险，则可能根据保险公司的规定进行一定比例的免赔扣除后再进行赔偿。

二、赔付比例与计算

• 确定责任比例：由交警部门或相关机构根据事故具体情况认定主次责任比例。
• 计算损失总额：包括双方在事故中的财产损失、人身伤害等各项损失的总额。
• 按比例赔付：根据责任比例，主责方和次责方分别承担相应比例的赔偿责任。

三、法律依据与争议解决

• 法律依据：保险赔付主要依据《道路交通安全法》与《保险法》。前者规定了交强险的先行赔付责任，后者明确了保险合同双方的权利义务。
• 争议解决：如果双方对责任认定或赔付比例有异议，可以通过协商或诉讼的方式来解决。

四、注意事项

• 及时报案：事故发生后，双方需及时向各自保险公司报案，并提供相关证明材料以协助理赔核算。
• 保留证据：保留好现场勘查、证人证言、监控录像等相关证据，以便在需要时提供证明。
• 了解合同条款：熟悉保险合同的条款内容，特别是关于责任比例、免赔率、赔付范围等方面的约定。

综上所述，主次责任保险公司的理赔流程涉及交强险的先行赔付、商业险的按责任比例赔付以及不计免赔险的影响等多个方面。在实际操作中，双方需根据事故具体情况和保险合同约定进行协商和处理。