自建房二楼以上超宽是否算违建，取决于多个因素。以下是对此问题的详细分析：
符合规划及审批要求：
- 若自建房在建造之初就有明确的规划，且该规划允许二楼以上部分超宽，并且已经获得了相关部门的审批同意，如建设用地规划许可证、建设工程规划许可证等，那么二楼以上超宽部分就不算违建。
违反规划或未审批：
- 若自建房的规划中并未允许二楼以上部分超宽，或者虽然规划允许但未经相关部门审批就擅自超宽建造，那么二楼以上超宽部分就属于违建。这种情况下，可能会面临相关部门的处罚，如罚款、拆除等。
影响他人和公共利益：
- 即使自建房二楼以上超宽部分符合规划并办理了审批手续，但如果该超宽部分影响了相邻房屋的正常使用，如遮挡阳光、影响通风等，或者对公共设施和公共安全造成了不良影响，那么也可能被认定为违建或需要承担相应的法律责任。
特殊情况处理：
- 对于某些历史遗留问题或特定政策下的自建房，二楼以上超宽部分是否算违建可能需要根据具体情况进行区别对待。例如，如果超宽部分是由于历史原因造成的，且能够通过补办手续等方式使其合法化，那么就不属于违建；如果无法补办或不符合合法化条件，则可能被认定为违建。
综上所述，自建房二楼以上超宽是否算违建，需要综合考虑规划、审批、影响他人和公共利益等多个因素。因此，在进行自建房建设时，建议务必咨询当地相关部门，了解并遵循相关的审批流程和规定，以避免不必要的法律纠纷和经济损失。如果您有具体的法律问题或需要进一步的法律咨询，请直接向我提问。