食品经营备案证在特定情况下确实需要办理注销手续。具体来说，当食品经营者终止食品经营活动，或者食品经营许可被撤回、撤销，再或者食品经营许可证被吊销时，食品经营者应当在30个工作日内向原发证的食品药品监督管理部门申请办理注销手续。

这一规定是基于《中华人民共和国食品安全法》以及相关法律法规制定的，旨在确保食品经营活动的合法性和规范性。当食品经营者不再从事食品经营活动时，及时注销食品经营备案证是履行法定义务的表现，也有助于监管部门更好地管理食品市场，保障食品安全。

在办理注销手续时，食品经营者需要按照相关部门的要求提交必要的申请材料，如食品经营许可注销申请书、食品经营许可证等。这些材料将用于证明食品经营者已经终止食品经营活动，并符合注销条件。

总之，食品经营备案证在特定情况下是需要办理注销手续的。食品经营者应当密切关注自己的经营状况，并在需要时及时办理注销手续，以遵守法律法规，确保自身合法权益。