社保和农村合作医疗是两种不同的医疗保障制度，它们之间存在几个主要的区别。
一、形式与覆盖对象
农村合作医疗：这是由国家政策牵头，由当地政府组织、引导的一种医疗保障体系。它主要针对的是农村户口的居民，农民可以自愿加入。这种保障体系强调的是医疗互助互惠，无论是小病还是大病，都能获得一定的保障。
社保：社保是用人单位给予劳动者的几种保障性待遇的合称，包括养老保险、医疗保险、失业保险、工伤保险和生育保险。它覆盖的是所有单位和职工，为没有劳动能力和没有劳动岗位的人提供社会性的福利保障。
二、享受待遇与保障力度
农村合作医疗：参与者需要每年缴费，次年才能享受保障。由于资金是多方筹资（政府补贴、村集体扶持、个人联合缴费），保障力度相对较弱。
社保：参保人完成交费年限后，可以终身享受保障。社保实行“低水平、广覆盖”的特点，标准统一，保障力度相对较强。
三、缴费方式
农村合作医疗：主要以个人承担为主，国家会给予一定的补贴。缴费标准各地不一，且每年都会在特定的时间收取费用。
社保：分为城镇职工社保和城镇居民社保。城镇职工社保由单位和个人各承担一部分费用；城镇居民社保则由个人承担全部费用。
四、报销比例与适用场景
农村合作医疗：在农村乡镇医院看病，新农合的报销比例通常高于社保。它更适用于农村环境和农村户口的居民。
社保：在市级医院或更高级别的医疗机构治疗时，社保的报销比例通常高于新农合。社保的报销范围和力度都更为广泛和深入。
五、能否同时使用
根据相关政策规定，社保医疗保险和新农合不能重复参加。即使同时交了这两份保险，在报销时也只能选择其中一种方式。
六、建议
对于有五险（包括医保）的职工来说，通常不需要再参加新农合。因为社保本身就具有农村医保同样的报销功能，甚至还多了其他的保障功能（如养老、失业、生育以及工伤）。对于农村户口的居民来说，如果条件允许，可以选择参加社保以获得更全面的保障。如果经济条件有限或主要在农村生活和工作，那么新农合是一个不错的选择。
综上所述，社保和农村合作医疗在形式、覆盖对象、享受待遇、保障力度、缴费方式以及报销比例等方面都存在明显的区别。选择哪种保障方式应根据个人的实际情况和需求来决定。