医保和农村合作医疗（现已整合为城乡居民基本医疗保险）在报销比例上确实存在一些差异。以下是对这两者在报销比例方面的详细对比：

一、市内住院报销比例

1. 职工医保：

   • 在职职工：三级医疗机构88%、二级医疗机构90%、一级及以下医疗机构92%。
   • 退休人员：在在职职工的基础上相应提高3%。

2. 城乡居民基本医疗保险（农村合作医疗整合后）：

   • 三级医疗机构65%、二级医疗机构75%、一级及以下医疗机构90%。

二、异地住院报销比例（符合规定转诊）

1. 职工医保：

   • 在职职工：较本地比例下降10%，即三级医疗机构68%、二级医疗机构70%、一级及以下医疗机构72%。
   • 退休人员：在在职职工异地住院报销比例的基础上相应提高3%。

2. 城乡居民基本医疗保险：

   • 较本地比例也下降10%，即三级医疗机构50%、二级医疗机构60%、一级及以下医疗机构70%。

三、门诊报销比例

1. 职工医保：

   • 不设起付标准，一级及以下医疗机构支付比例为85%，二级医疗机构为70%，三级医疗机构为55%。
   • 退休人员支付比例相应提高5%。

2. 城乡居民基本医疗保险：

   • 居民医保普通门诊不设起付标准，政策范围内医疗费用支付比例为55%（该比例可能因地区和政策调整而有所不同）。

四、总结

从上述对比中可以看出，职工医保在市内住院、异地住院以及门诊的报销比例上普遍高于城乡居民基本医疗保险（农村合作医疗整合后）。这主要是因为职工医保的缴费标准相对较高，且通常与个人的工资收入挂钩，而城乡居民基本医疗保险则是以个人缴费和政府补贴相结合的方式进行的。

在选择医保类型时，建议根据自己的实际情况和经济能力进行考虑。如果有工作单位且经济条件允许，建议优先选择职工医保；如果是灵活就业者或经济条件相对有限，可以选择城乡居民基本医疗保险作为保障。