驾驶证扣12分是不能分开扣的。下面为您详细解析：

首先，根据《道路交通安全违法行为记分管理办法》的相关规定，公安机关交通管理部门对机动车驾驶人的交通违法行为是实行累积记分制度的。记分周期为十二个月，满分为12分，记分分值依据违章行为的严重程度分为12分、9分、6分、3分、1分五种。

当驾驶人因单次违法行为，如超速，达到扣12分的标准时，交警部门会严格按照法规对该行为进行一次性记12分的处理。这12分不能分拆或分散处理，也就是说，不能将其拆分为多次小分值的记分。

若驾驶人被记满12分，则需要在规定时间内到公安机关交通管理部门参加为期七日的道路交通安全法律、法规和相关知识学习，并参加考试。考试合格后，记分会被清除，并发还机动车驾驶证。如果考试不合格，则需继续参加学习和考试，直到合格为止。若驾驶人拒不参加学习或不接受考试，公安机关交通管理部门将公告其机动车驾驶证停止使用。

综上所述，驾驶证的12分扣分是不能分开进行的，驾驶人应严格遵守交通规则，确保行车安全，避免因为违章行为导致驾驶证被记满12分而带来的不便和后果。