驾驶证一次性扣6分不可以分开扣。下面是对这一结论的详细解释：

1. 交通法规规定：根据《机动车驾驶证申领和使用规定》，驾驶人的交通违法行为会依据其性质和严重程度被扣除相应的分数。一次性扣6分意味着该违法行为较为严重，需要一次性从驾驶证的总分中扣除，不能分批或分期扣除。

2. 扣分制度的目的：驾驶证扣分制度是为了维护道路交通秩序，保障行车安全。通过扣分来惩罚驾驶人的违法行为，并作为其是否适合继续驾驶的参考。如果允许分开扣分，那么制度的威慑力和公正性将大打折扣。

3. 实际操作：在交通违法处理过程中，交警或交通管理部门会根据违法事实，直接对驾驶人的驾驶证进行一次性扣分。驾驶人无法选择将扣分分开进行。

综上所述，驾驶证一次性扣6分是不能分开扣的。如果驾驶人在一个记分周期内累积记分达到或超过12分，将需要重新学习并考试合格后才能恢复驾驶资格。因此，建议驾驶人严格遵守交通规则，确保行车安全。