开发票时选择含税还是不含税，主要取决于商业约定、税务规定以及特定行业的要求。以下是对这一问题的详细解答：
一、含税与不含税发票的基本区别
含税发票：
- 发票金额中已经包含了税金，购买方支付的是商品或服务的价格以及相应的税金。
- 税金由销售方代为缴纳，已经包含在发票金额中。
- 通常适用于需要统一开具、金额固定的场合，如工程款、租金等。
不含税发票：
- 发票中只列出了商品或服务的价格，税金需要另外计算，由购买方自行缴纳。
- 购买方需要根据商品或服务的价格以及适用的税率自行计算并缴纳税金。
- 通常适用于需要根据实际情况计算税金的场合，如商品销售、服务费用等。
二、开票系统的选择
- 含税模式：在开票系统中选择含税模式时，输入的是包含增值税的总金额。系统会自动将含税金额换算为不含税金额和税额，并分别显示在发票上。
- 不含税模式：选择不含税模式时，输入的仅为商品或服务本身的价格，不包含增值税。系统会根据设定的税率计算出税额，并与不含税金额相加得出含税总金额。
三、商业约定与税务规定
- 商业约定：交易双方可根据合同约定或商业习惯确定开具含税或不含税发票。如合同中明确规定价格为含税价，则应按照含税金额开具发票；反之，则按不含税金额输入开票系统。
- 税务规定：无论选择哪种开票方式，都必须符合税法规定。发票上必须清晰列示不含税金额、税额和含税总金额，以确保税务信息的准确性和透明度。
四、特殊情况说明
- 在某些特定情况下，如特定行业或交易类型（如部分出口业务或免税商品），可能会存在不含税的发票。但这相对较少见，且需根据具体的税收法规和规定来确定。
五、建议与风险提示
- 为确保合规性和避免税务风险，建议在开具发票时严格遵循相关税收法规和规定。
- 如对具体开票要求有疑问，应及时咨询当地税务部门或专业税务顾问，以获取准确指导和帮助。
- 企业在开具发票时，应确保发票信息的准确性和合规性，以降低税务风险并保障自身合法权益。
综上所述，开发票时选择含税还是不含税，需要根据具体的商业约定、税务规定以及特定行业的要求来决定。在大多数情况下，建议选择含税金额开具发票，以确保交易的简洁性和税务的合规性。