农民工每天上班12小时，在一般情况下是不合法的。但也有一些特定情况，使得这种工作时间安排变得合法或得到允许。下面我来详细解释一下：

一、一般情况下的不合法性

根据《中华人民共和国劳动法》第三十六条的规定，国家实行劳动者每日工作时间不超过八小时、平均每周工作时间不超过四十四小时的工时制度。因此，在常规情况下，要求农民工每天工作12小时显然超出了法定的每日工作时间上限，这种安排是不合法的。

二、特殊情况下的合法性分析

1. 与劳动者协商一致并支付加班费：

   • 如果用人单位因生产经营需要，在与工会和劳动者协商一致的前提下，可以延长工作时间，但一般每日不得超过一小时；因特殊原因需要延长工作时间的，需在保障劳动者身体健康的条件下，且每日延长不得超过三小时，每月累计延长不得超过三十六小时。同时，用人单位必须按照法律规定支付加班费。

2. 特殊行业和岗位：

   • 对于某些特殊的行业和岗位，如交通、铁路、邮电、水运、航空、渔业等需要连续作业的行业，或者因工作性质和生产特点不能实行标准工时制度的企业，经劳动行政部门批准，可以实行不定时工作制或综合计算工时工作制。在这些制度下，虽然某一具体日（或周）的实际工作时间可能超过8小时，但整个周期内的总实际工作时间不应超过总法定标准工作时间。

3. 紧急特殊情况：

   • 在发生自然灾害、事故或其他威胁劳动者生命健康和财产安全的情况下，为紧急处理而延长工作时间可以不受上述法定限制。

三、法律责任与救济途径

如果农民工遭遇用人单位违法延长工作时间且不支付加班费的情况，可以向当地劳动监察部门投诉，或者申请劳动仲裁来维护自己的合法权益。根据《中华人民共和国劳动合同法》第八十五条，用人单位未按照劳动合同的约定或者国家规定及时足额支付劳动者劳动报酬的，包括安排加班不支付加班费的，由劳动行政部门责令限期支付劳动报酬、加班费或者经济补偿；逾期不支付的，还需向劳动者加付赔偿金。

综上所述，农民工每天上班12小时，在大多数情况下是不合法的。但如果符合上述特定的合法延长工作时间的条件，这种安排可能是合法的。农民工应了解自己的权益和法律规定，并在必要时采取适当的行动来保护自己。如果你有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。