一式两份协议乙方丢了，协议仍然生效。下面我来详细解释一下：

首先，从法律角度来看，合同或协议的有效性并不依赖于其物理形态（如纸质原件的份数）是否完整。一式两份只是为了方便双方各自持有和查阅，并不意味着如果其中一份丢失，合同就失效。合同的有效性主要取决于以下几个关键因素：

1. 合同内容是否合法：只要合同内容不违反法律法规的强制性规定，不损害社会公共利益，不违背公序良俗，那么合同就是有效的。

2. 双方意思表示是否真实：如果双方在签订合同时都是出于自愿，且对合同内容有充分的理解和认识，那么合同就是有效的。

3. 合同形式是否符合要求：对于一些特定的合同，法律可能规定了特定的形式要求，如书面形式、公证等。但只要合同满足了这些形式要求（如果有的话），那么它就是有效的。

在你提到的情况中，虽然乙方丢失了一份协议，但这并不影响协议的法律效力。因为：

• 乙方丢失协议只是物理上的丢失，并不影响合同内容的合法性。
• 乙方在签订协议时，已经对协议内容表示了认可，这种认可不会因协议的丢失而改变。
• 除非法律特别规定该类型合同必须一式两份且双方各持一份才有效（这种情况非常罕见），否则一份协议的丢失并不会影响合同的有效性。

因此，即使乙方丢失了一份协议，该协议仍然对双方具有法律约束力。当然，为了保险起见，建议双方在日常管理中妥善保管好合同原件，以免因丢失而带来不必要的麻烦。如果还有其他关于合同的问题或需要进一步的法律帮助，请随时向我咨询。